Năm 2003, xuất phát từ những yêu cầu cấp bách về lý luận và thực tiễn phát triển khoa học tại một số vùng, lãnh thổ và yêu cầu cất thiết mở rộng mạng lưới nghiên cứu khoa học xã hội tại các địa phương, Viện Khoa học xã hội Việt Nam đã đề xuất Chính phủ thành lập Viện KHXH vùng Trung Bộ và Tây Nguyên.
Năm 2005, căn cứ Nghị định số 26/2004/NĐ-CP ngày 15 tháng 1 năm 2004 của Chính phủ, Viện KHXH Việt Nam ra quyết định thành lập Viện KHXH vùng Trung Bộ và Tây Nguyên.
Ngày 22 tháng 4 năm 2008, theo Nghị định số 53/2008/NĐ-CP của Thủ tướng Chính phủ, Viện được đổi tên thành Viện Phát triển bền vững vùng Trung Bộ, có chức năng, nhiệm vụ: xây dựng kế hoạch nghiên cứu dài hạn, trung hạn và hàng năm; tổ chức triển khai thực hiện các kế hoạch được Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam phê duyệt và các kế hoạch nghiên cứu khác được Đảng và Nhà nước giao liên quan đến vùng Trung Bộ; nghiên cứu những vấn đề lý luận và thực tiễn cơ bản về phát triển bền vững vùng Trung Bộ; kết hợp nghiên cứu với đào tạo sau đại học về khoa học xã hội, phát triển bền vững theo quy định của pháp luật;...
Tháng 12 năm 2012, trên cơ sở chiến lược phát triển Viện Khoa học xã hội Việt Nam, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 109/2012/NĐ-CP đổi tên Viện KHXH Việt Nam thành Viện Hàn Lâm KHXH Việt Nam. Theo Nghị định này, Viện được đổi tên thành Viện Khoa học xã hội vùng Trung Bộ với chức năng, nhiệm vụ mới, nghiên cứu những vấn đề lý luận và thực tiễn về khoa học xã hội vùng Trung Bộ; cung cấp luận cứ khoa học cho việc hoạch định chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chính sách phát triển nhanh và bền vững vùng; thực hiện tư vấn về chính sách phát triển; tham gia đào tạo đại học, sau đại học và phát triển tiềm lực khoa học xã hội của vùng.